В провинциальный приход приезжает новый настоятель отец Андрей, после того, как был убит местный священник отец Михаил. Преступление быстро замяли, поскольку город держит в страхе местный криминальный авторитет Агафонов. Настоятель Андрей решает навести порядок в городе путем повышения духовного образования местных жителей. Одного парнишку, местного хулигана Гришу, ему удалось переманить на сторону церкви. Когда же Агафонов приезжает к отцу Андрею с предложением отдать церковный склад под нужды криминала, настоятель категорически отказывает. Но Агафонов просто так не отступится от своего.

С появлением отца Андрея в провинциальном городе стало значительно спокойнее. Неформальный священник не только читает проповеди в храме, но и не прочь посидеть в местном баре с соседями, чтобы пообщаться в другой обстановке. Мирное течение жизни города нарушает прибытие чужака. К священнику приезжает знакомый из далекого прошлого Иван. Оказывается, когда-то настоятель состоял в криминальной группировке вместе с Иваном, но с тех пор Андрей многое изменил в своей жизни. Измениться хочет и Иван, поэтому приехал за помощью к своему старому другу. Криминальная драма "Настоятель 2" является продолжением одноименного фильма о священнике-борце со справедливостью.

В парке обнаружен труп бизнесмена Евгения Крупенина со следами ножевых ранений. Волков выясняет, что убитый был знаком с молодой семейной парой актеров Анной и Ярославом. Побеседовав с Ярославом, Волков узнает, что семья актеров познакомилась с Евгением и его женой Алиной в свинг-клубе. Но, несмотря на все уговоры Евгения, Ярослав отказался от его предложения обменяться женами на вечер. Однако Евгений продолжал настаивать на своем и преследовать Анну. Встретившись с ней, Волков добивается от девушки признания в убийстве Евгения. Анна утверждает, что в вечер трагедии Евгений подкараулил ее в парке, а затем совершил попытку изнасилования. Кроме того, он пригласил своего знакомого фотографа...